Tras la batalla con Cell, Goku se ve junto al Kaio del Norte, Bubbles y Gregory en el Camino de la Serpiente. De
repente, Goku recuerda que Kaio le hablo sobre los guerreros del Otro Mundo, por lo que se dirigen al planeta del Gran
Kaio. Al llegar, Kaio-Sama comienza a discutir con su rival el Kaio del Oeste, acompañado de su luchador más fuerte, Paikuhan.

Siete años más tarde, a Goku se le da un permiso especial para regresar a la Tierra por un día para participar en el 25°
Torneo Mundial de Artes Marciales, donde asistirán Gohan, Goten, Vegeta y Trunks. En su regreso se encuentra con su
segundo hijo, Goten, que había nacido después de su muerte, en los Juegos de Cell, y conoce a Videl, la amiga de
Gohan de su escuela secundaria que es la hija de Mr. Satán, el farsante que recibió todo el crédito por salvar el mundo
de Cell. Goku se enfrentaría a Vegeta en el sexto combate, pudiendo finalmente resolver su rivalidad, pero tuvo que ser
pospuesta debido a que Videl fue gravemente golpeada por Spopovich, quien, junto a Yamu, es controlado por el
malvado mago Babidi. Mientras Gohan debe enfrentarse a Kibito (el asistente del Supremo Kaio-Sama, que también
estaba en el torneo), Spopovich y Yamu roban la energía de Gohan Super Saiyajin 2 y abandonan el torneo, mientras
que todos los Guerreros Z hacen lo mismo para seguirlos hasta la guarida de Babidi.

El Kaio-shin y su asistente, Kibito, se presentan y les comunican a los Guerreros Z sobre los planes de Babidi que desea
traer la destrucción y el terror a través de todo el universo liberando al temible Majin Buu. Una vez que llegan a la
guarida, donde son emboscados por Dabra, el poderoso gobernante del mundo de los demonio, que mata a Kibito y
convierte a Krilin y Piccolo en piedra. Goku, Gohan, Vegeta y Shin entran a la nave de Babidi y se turnan para derrotar a
cada uno de sus soldados en cada habitación de la nave, impresionando con su poder al Kaio-shin. Goku lucha contra
Yakon que absorbe su energía, pero Goku lo hace explotar. Mientras Gohan pelea contra Dabra, Vegeta se queja de
que él puede hacerlo mejor. Cuando se entera de esto Babidi, posee a Vegeta a través de la maldad en su corazón y lo
vuelve malvado de nuevo. Goku y Vegeta son transportados a un lugar deshabitado para que resuelvan su batalla,
mientras que Gohan y el Kaio-shin siguen con el plan de detener Babidi.

Goku y Vegeta tienen una batalla trascendental que da energía más que suficiente para el despertar de Majin Buu. A
pesar de que están muy igualados como Super Saiyajin 2, Goku decide detener la pelea cuando siente que Majin Buu
ha sido liberado y le suplica a Vegeta para ayudarlo a derrotar a Majin Buu. En una falsa muestra de acuerdo, Vegeta
golpea a Goku por la espalda mientras él toma la última Semilla Senzu de su bolsa. Tras comer la última semilla, Vegeta
se dirige a enfrentarse a Majin Buu solo.

Al despertar, Goku no podía sentir a Vegeta o a Gohan en cualquier lugar y llega a la conclusión de que murieron
peleando (cuando en realidad Gohan se salvó por el gravemente herido Kaio-shin, y sólo Vegeta había muerto en un
vano intento de acabar con Majin Buu). Se dirige a la Atalaya de Kami y es curado por Dende, quien confirma que
Vegeta se sacrificó en un intento de destruir a Majin Buu. Después de llevar a todos sus amigos al Palacio, les informa a
todos de las malas noticias. Con el poco tiempo que le queda en la Tierra, con ayuda de Piccolo, decide enseñarle a
Trunks y Goten la técnica de la fusión, que aprendió de unos guerreros Metamoranos mientras se encontraba en el otro
mundo, por lo que podrían unirse en un ser con poderes inmensos que podría hacer frente a Majin Buu.

Después de enterarse de que el radar del dragón estaba en la Ciudad del Oeste y Majin Buu estaba a punto de causar
más destrucción, Goku decide distraerlo mientras que Trunks recupera el radar del dragón antes de que sea destruido
junto a la Capital del Oeste por Majin Buu, de lo contrario, nunca serían capaces de encontrar las esferas del dragón
Goku se teletransporta donde está Majin Buu, y todo el mundo (a través de la telepatía de Babidi) es testigo de como
Goku alcanza la forma del Super Saiyajin 3, cuyo poder podía ser detectado hasta el planeta Supremo.
Sorprendentemente, Majin Buu tiene buen rato y disfruta de la pelea, incluso obligando a Goku a desviar una versión
imitada de su propio Kamehameha, pero Goku regresa al Palacio ya que Trunks logró volver con el radar del dragón.
Más tarde afirma que probablemente pudo haberle ganado, pero que quería dejarlo en manos de Gohan, Trunks y
Goten porque él no estaría siempre, y que necesitan tener una oportunidad de salvar al universo en lugar de depender
de alguien que ya estaba muerto. Desafortunadamente, el transformarse en Super Saiyajin 3 acorta el tiempo límite que
tenía Goku para permanecer en la Tierra y se ve obligado a volver al Otro Mundo.

Una vez que Goku regresa al otro mundo, se entera de que su hijo, Gohan, no está muerto, y que está entrenando en el
planeta Supremo. Goku se teletransporta allí para ser casi rebanado por la legendaria Espada Z, y para pone a prueba
su poder, el Kaio-shin invoca un bloque hecho con el material más duro del universo, como material de prueba. Goku
lanza el cubo a Gohan, esperando que la Espada Z lo cortara fácilmente. En cambio, la Espada Z se parte en dos y de
ella surge el Kaio-shin de hace 15 generaciones, quien liberaría todo el poder de Gohan con un ritual.

A través de una bola de cristal, Goku observa la pelea entre Gotenks Super Saiyajin 3 y Super Buu, sorprendido de que
los dos niños por sí solos, pudieran acceder al estado de Super Saiyan y eran capaces de alcanzar la forma de Super
Saiyajin 3 tan rápido cuando se fusionan. Como Gotenks está a punto de terminar con Super Buu después de una larga
batalla, él vuelve a su estado normal y rápidamente se separa. Gohan (después de que todo su poder fuera liberado)
llega para luchar, golpeando sin esfuerzo a Buu con sus nuevos poderes, pero Super Buu logra escapar al
autodestruírse hasta que Goten y Trunks pudieran fusionarse de nuevo una hora más tarde, así absorbe a Gotenks y
Piccolo, ganando gran intelecto y poder.

Cuando Gohan es superado por Super Buu, el Viejo Supremo Kaio-Sama le da su vida a Goku para que pueda regresar
a la Tierra y ayudar a Gohan. También le entrega sus pendientes para que pueda fusionarse con Gohan con el fin de
crear a un guerrero sin igual que fácilmente destruiría a Buu sin siquiera la necesidad de transformarse según las
palabras del Viejo Supremo Kaio-Sama. Cuando Goku llega al campo de batalla, para gran sorpresa de Gohan y Super
Buu, corta a Super Buu por la mitad con un disco de energía y lanza uno de los pendientes a Gohan. que no logra
agarrar a tiempo, y Goku le dice que se apresure en buscarlo. Mientras tanto pelea contra Super Buu como un Super
Saiyajin 3. Durante la pelea, Gotenks se separa en el interior de Super Buu, y su poder se reduce a casi un tercio de su
poder original. Goku dice que no es una gran amenaza ahora, y se da cuenta de que pueden vencer a Super Buu
fácilmente. Sin embargo, Gohan es absorbido cuando Super Buu lo encuentra con la guardia baja. En el momento de
desesperación, el recién resucitado Vegeta aparece, y después de que Goku se teletransporta donde se encuentra el
príncipe Saiyajin. Tras una pequeña pelea contra Super Buu, Vegeta decide fusionarse, los dos Saiyajins restantes más
poderosos se fusionan formando a Vegetto.

Vegetto supera fácilmente a Super Buu, incluso con Gohan absorbido. Super Buu utiliza todas las técnicas que ha
conseguido contra el Saiyajin fusionado, pero Vegetto logra esquivarlos sin muchos problemas. Después de una larga
batalla, el poderoso Vegetto gana fácilmente. Sin embargo, supuestamente debido a la arrogancia de Vegeta en no
terminar fácilmente con Buu, Vegetto es finalmente absorbido por Super Buu, el cual crea un escudo para protegerse.
Sin embargo, se reveló más tarde que él decidió ser absorbido a propósito porque quería rescatar a sus amigos antes de acabar con Super Buu.

Dentro de Buu, Vegetto se separa automáticamente debido a las propiedades del sistema digestivo de Super Buu. Si
bien en el estómago, Goku es atacado por las enzimas que cubren rápidamente todo su cuerpo, haciéndolo pegajosa y
quemándolo. Mientras lucha por liberarse, Goku casi es comido por un gusano hasta que finalmente logra liberarse.
Después de viajar a través del cuerpo de Super Buu, Goku y Vegeta alcanzan el cerebro de Super Buu donde
encuentran a Gohan, Trunks, Goten y Piccolo inconscientes pero aún con vida. Después de que liberan a todos y tener
que luchar contra Super Buu dentro de su propio cuerpo, Vegeta decide arrancar al inconsciente Majin Buu gordo del
cuerpo de Super Buu. A pesar de las súplicas de Super Buu, Vegeta termina por arrancarlo y Super Buu sufre otra
transformación. Goku y Vegeta logran escapar del cuerpo de Super Buu con los Guerreros Z recién rescatados. Así
Super Buu vuelve a su forma original, Pequeño Buu.

Eres un ser increíble, diste lo mejor de ti y por esto te admiro. Pasaste por varias Transformaciones, fuiste tan poderoso que todos nosotros te odiamos. Espero que renazcas como un buen tipo, te estaré esperando para pelear. Yo también entrenaré, entrenaré mucho para volverme más fuerte. Adiós Buu. — Últimas palabras de Goku hacia Majin Buu

En el exterior, Goku rescata a Mr. Satan, su perro Bee, y Dende, pero no llega a llevarse consigo a Gohan, Goten,
Trunks y Piccolo antes de que el recién transformado Pequeño Buu destruyera la Tierra en una demostración extrema
de su poder (Vegeta lo detuvo antes de hacer esto con un ataque mucho más pequeño, pero después lanza una enorme
bola de energía que no podían desviar). El Kaio-shin llega al lugar y se teletransporta con Vegeta, Goku, Dende, Bee y
Mr. Satán trayéndolos al Planeta Sagrado. Después de regenerarse, Pequeño Buu comienza a buscar a Goku y Vegeta.

Cuando Pequeño Buu los encuentra, Vegeta y Goku juegan al piedra, papel o tijera para decidir quien luchaba primero.
Goku gana y es quien peleará. En el anime, comienza como un Super Saiyajin 2, pero con el tiempo se transforma en
un Super Saiyajin 3. Así logra pelear en iguales condiciones, teniendo ventaja en algunas ocasiones, pero no se da
cuenta de los inconvenientes al tener un cuerpo vivo, y se agota. Trata de reunir energía, mientra Vegeta distrae a
Pequeño Buu (siendo brutalmente golpeado en el proceso), pero su transformación como un Super Saiyjin 3 drena sus
reservas de energía y pronto pierde la capacidad de mantener dicha forma. A sugerencia de Vegeta, Goku comienza a
recolectar energía para formar una Genkidama y utilizar la energía de la Tierra y sus habitantes (los cuales fueron
resucitado durante la pelea).

Usando la telepatía de Kaio-Sama, Vegeta habla con las personas y les pide a todos levantar sus manos para donar
energía a la Genkidama de Goku, pero no se atreven a hacerlo. Todo el mundo en Nuevo Namek y en el Otro Mundo
dan de su energía para la Genkidama, además de los amigos de Goku. Mientras tanto,el Majin Buu gordo, que trataba
de entretener a Pequeño Buu, cae derrotando dejando a un lastimado Vegeta protegiendo a Goku mientras él termina
de formar la Genkidana. Finalmente, es Mr. Satán quien convence a todo el mundo en la Tierra de dar la energía
necesaria a Goku para destruir a Pequeño Buu de una vez por todas. Con la contribución de la energía de la Tierra,
Goku lanza la Genkidama. Pero tan imposible como parece, Pequeño Buu logra detener el ataque y poco a poco
comienza a empujarlo de vuelta hacia Goku. Vegeta se da cuenta de que Goku utilizó el resto de su poder para reunir la
energía y formar la Genkidama y no tiene la fuerza necesaria para derrotar a Buu.

Utilizando el último deseo de las esferas del dragón de Namek (los dos primeros se usaron para restaurar la Tierra a su
estado normal y luego el segundo para revivir a todos aquellos que murieron desde la llegada de Babidi, exceptuando a
los malvados), Dende desea que todo el poder que Goku había utilizado fuera restaurado. Una vez con su poder
restaurado, Goku se transforma en Super Saiyajin, y ejerce presión sobre la Genkidama. Después de recordar los
diferentes combates que tuvieron contra Buu, Goku pide un último desea a sí mismo, el cual es que Buu renaciera como
un buen tipo para que pudieran luchar de nuevo algún día. Con la bendición de los residentes de la Tierra, Goku
destruye a Pequeño Buu.